Operasi PETI mewarnai air sungai menjadi keruh dengan zat-zat berbahaya melalui penggalian tanah di dasar Sungai.Sungai menjadi dangkal akibat galian tanah di dasar sungai sehingga mengganggu transportasi sungai.Ikan-ikan di sungai menjadi korban PETI sebelum manusia.Salah satu dampak maraknya PETI di Sungai Kapuas adalah banjir dengan arus yang membawa sampah-sampah potongan kayu dan ranting. Sampah-sampah kayu yang mengapung ini dipungut oleh sebagian penduduk (ngapar) untuk kayu bakar.